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天聪元年（1627年）五月，继征朝鲜王朝之后，皇太极亲率大军征明。这时明朝干将袁崇焕正在实施“恢复之计”，即“以辽人守辽土，以辽土养辽人”。他修城屯田，以屯养战，以“守为正著，战为奇著”。[22]皇太极想及早发动进攻，发动宁锦之战，结果自己伤亡惨重，宁远城却屹立未动。继续又攻十几天，依然无成。守宁远的正是袁崇焕，他命令满桂、尤世禄、祖大寿出城拒战。皇太极督代善、阿敏、莽古尔泰、阿济格等进击。明军呐喊抵抗。袁崇焕坐镇指挥，放大炮，后金兵一排排倒下，游击觉罗拜山、备御巴希等被射死，贝勒济尔哈朗、萨哈廉、瓦克达俱伤。[23]明将满桂也负重伤，士兵死伤大半。宁远不下，皇太极又返回锦州，时已六月四日。将士中暑很多，皇太极知不可久留，第二天下令退兵。此战明军防守成功，时称“宁锦大捷”。[22]辽西不能攻取，便不能进山海关，如果要夺取北京，只有另找出路。皇太极对蒙古是有所了解的，当时他已参加过与喀尔喀、科尔沁等部的结盟，也曾领兵驰援过科尔沁。[24]
天聪二年（1628年）二月，皇太极首先带领两个幼弟多尔衮及多铎统大军亲征察哈尔所属的多罗特部，进至敖木伦地方，俘获一万一千二百人。因敖木伦大捷，多尔衮被赐号墨尔根戴青，多铎赐号额尔克楚虎尔。[25]八月，与喀喇沁议和，九月调科尔沁、喀喇沁、敖汉、奈曼及喀尔喀诸部兵来会。九月六日，后金大军出征察哈尔。二十日进击席尔哈、席伯图、英、汤等处，俱下。第二天追至兴安岭，获人畜无计其数。十月中旬胜利而归。[25]这次出征，后金既打击了大敌察哈尔部，也进一步巩固了对已归服的蒙古诸部的统治。不久，皇太极派阿什达尔汉到这些地方宣敕，以后如征察哈尔，凡管旗诸贝勒年七十以下，十三以上，俱从征，违者罚马驼，不至约会之地者也罚马[26]。
故鼎革新
己巳之变、皇太极新政
天聪三年（1629年）十月至天聪四年（1630年）正月，皇太极在明朝关宁锦防线难以攻克的情况下率军从蒙古突入内地，攻打北京失利，史称“己巳之变”。但施反间计除掉了明蓟辽督师袁崇焕。皇太极继位后，顺应历史发展趋势，促进了后金政权的封建化进程。皇太极本人有很好的文化素养，这时他推行了振兴文教的措施。天聪三年（1629年）首先提出“以武功戡乱，以文教佐太平”，一改其父□□哈赤屠杀文人的政策，并于当年进行考试，选取了满、汉、蒙古生员二百人。[26]他已认识到发展文教对治理国家的重要性，说不能认为不读书不会误事。规定从天聪六年（1632年）起，凡贝勒大臣子弟年十五以下，八岁以上，俱令读书。[27]他派人丈量土地，将“各处余地”归公，发给民户耕种，不许旗主、贵族再立庄田。又把原来每13名壮丁编为一庄改为每8名壮丁编为一庄，“其余汉人，分屯别居，编为民户。”并下令编审壮丁，解放部分奴婢为编民。这些措施，使满族贵族的特权受到一定制约，有利于发展农业生产。他极力学习汉族文化，命儒臣翻译汉字书籍。
天聪六年（1632年）正月，废除“与三大贝勒，俱南面坐”，共理朝政的旧制，改为自己“南面独坐”，突出汗位独尊地位。继而寻机削除异已，铲除了威胁汗位的三大贝勒势力，使汗权得到巩固。仿明制，设内三院，六部，“停王贝勒领部院事”，独主政务。又设都察院和理藩院，建立起一套较为完备的国家机构。集中了汗权，加强了□□统治。
天聪七年（1633年）六月初二日，皇太极在一次讲话中谕令将士对新附之众，“一切勿得侵扰”。[28]在皇太极影响下，明将孔有德、耿仲明、尚可喜等纷纷归降了后金。皇太极率诸贝勒出迎至浑河，行抱见礼，以示优隆[29]。孔、耿不仅带了一万二千多精壮官兵及红夷大炮等，而且促使明朝的辽东海防很快崩溃了。[30]之后不到四个月，明镇守广鹿岛的副将尚可喜就步了孔、耿后尘，皇太极称赞他“识时势之向背”，“残破海防，实为我功”。[31]到天聪七年（1633年）马光远统领汉兵时，实际形成了一个汉军旗，满语叫乌真超哈。[32]孔、耿、尚所领兵也是汉军。在此之前，蒙古旗兵也已形成。天聪八年（1634年）三月十三日皇太极在沈阳城郊阅兵，参加的有满洲八旗、蒙古二旗、旧汉兵一旗，共十一旗。[33]和以前有很大不同的是这时的军队已从私人武装变为国家的军队了。
称帝改号
丙子胡乱、清兵入塞
天聪十年（1636年），萨哈廉让诸贝勒检讨过去，表示今后忠诚效力，皇太极答应可以考虑了。然后皇太极又以“早正尊号”征询汉官儒臣的意见，鲍承先、宁完我、范文程、罗绣锦等都表示赞成。萨哈廉又召集诸贝勒各书誓词，向皇太极效忠。“外藩”诸贝勒闻讯也请求上尊号，皇太极同意了。上尊号的准备活动至天聪十年三月末大体就绪。[34]于天聪十年（1636年）五月，称帝，定国号“大清”，改元崇德，改族名女真为满洲。其后将主要兵力用于对明战争。[35]
丁丑下城
1636年十一月十九日，皇太极以“朝鲜败盟逆命”为由，决定发兵讨伐。十二月二日十时，皇太极率军起行。朝鲜国王李倧预料“朝夕被兵”，[36]寄希望于明朝支援，实际落空了。清军于十二月十日渡鸭绿江，十三日抵安州，来势凶猛，史称“丙子虏乱”。第二年正月初七日，清军战胜朝鲜全罗、忠清两道援军，李倧逃到南汉山城“势穷情迫”，称臣请罪。皇太极要求严惩朝鲜挑起衅端的大臣，同时造船发兵攻入江华岛，获朝鲜王妃、王子及阁臣等人。三十日，李倧亲至皇太极面前伏地请罪，史称“丁丑下城”。举行受降仪式后，当即留下其长子及次子为质，其余被俘妻子家口二百余人遣送还京。二月初二日，皇太极自朝鲜班师。[37]从此清朝代替明朝把朝鲜变成了藩属。朝鲜对清朝由以前的兄弟之称，更执藩臣之礼。不久阿济格领兵攻克皮岛，斩明将沈世魁等，彻底解除了清朝攻向关内的后顾之忧。
皇太极对明朝的军事行动仍因山海关的阻隔，分成为入口之战和关外之战。崇德年间一共发动了三次入口之战，每次作战都分出一部分兵力在关外，以为牵制。崇德元年（1636年）五月，皇太极派阿济格等领兵出战，这是第一次入口之战。俘人畜十七万九千八百二十，生擒总兵巢丕昌。[38]崇德四年（1639年）三月，清军渡运河，攻破山东济南府，克城败敌，俘人口二十五万余，四月凯旋。清军最大的损失是扬威大将军岳讬死于军中。[39]崇祯帝不但宣布了京师戒严，而且非常忧虑，以致在农民军和清军都攻上来的时候，宁肯暂时放松对农民军的围剿，而把主要力量调到抗清战场上。[38]
奠定基业
崇德五年（1640年）三月，清军修义州城。过去清军分出一部分入关，现在全力用于松锦大战。崇德六年（1641年）八月，皇太极见形势危急，不顾鼻子出血，经
过六天急行军到了松山。皇太极亲征，大大鼓舞了清军的士气。他部署清军自乌忻河南至海，横截大路，绵亘驻营，再在高桥设伏，围追堵截，处处有备。二月十八日清军入松山，生擒洪承畴。三月初八日，锦州城内的祖大寿也以孤立无援被围一年后投降。四月，清军又攻克塔山、杏山，并毁二城。至此，松锦决战以清军胜利告终。此战歼灭明军五万余人。在降服松山、锦州后，清军占领了除宁远外的明朝关外全部城镇。[40]
崇德七年（1642年），皇太极发动了生前最后一次入口之战。他对这次军事行动提出了异乎寻常的要求，即注意明朝和农民军的动向及应采取合作的态度。[41]这次进军的统帅是奉命大将军阿巴泰等，两翼大军分别从界岭口及黄岩口毁墙而入，长驱南下，至山东兖州，计克三府、十八州、六十七县，败敌三十九处，获黄金二千二百五十两、白金二百二十万五千二百七十两，俘人民三十六万九千口及牛马衣服等物。但是就在这样的大胜利面前，许多文武大将提出直捣山海关时，皇太极仍坚持既定国策，不轻易冒险。终皇太极之世，清军不曾通过山海关，但没有他们扫清道路，也就不可能有后来的清军入关。同年十月，西藏□□五世罗卜藏嘉木错派遣伊拉古克三胡土克图和厄鲁特蒙古戴青绰尔济等向清朝通好。皇太极一再盛赞藏传佛教，向藏使表白他对佛教笃信不疑。
猝然长逝
皇太极在五十岁时，因他心爱的宸妃之死，身体立刻变得虚弱了。皇太极一生娶了十五位妻子，而他最喜欢的是天聪八年（1634年）娶的博尔济吉特氏，崇德元年封她为关雎宫宸妃。这位妻子贤淑文静，皇太极和她颇恩爱，婚后曾生一子，皇太极高兴至极，为此发布了大清第一道大赦令。这个儿子二岁而殇。崇德六年（1641年）九月，皇太极正在松锦前线，忽听宸妃病危，急忙赶回盛京，到时宸妃已死。皇太极悲不自胜。从此这位身体一直健壮的皇帝忽而昏迷，忽而减食，常常“圣躬违和”。当年十月初二日，他对诸王及他们的妻子儿女说：“山峻则崩，木高则折，年富则衰，此乃天特贻朕以忧也。”[43]这流露出皇太极已为他年老体衰而不安了。
崇德六年（1641年）以后，皇太极因身体不好，曾发布过大赦令，也减少了处理日常事务的负担，甚至做过祈祷。崇德八年（1643年）八月初九日，皇太极猝死于盛京后宫，年52岁。谥应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝文皇帝，后累加谥为应天兴国弘德彰武宽温仁圣睿孝敬敏昭定隆道显功文皇帝，庙号太宗。葬沈阳昭陵（北陵）。