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第二天，福临在多尔衮的扶持下，在武英殿升朝议事，这时南明的北使团己经到达了北京，但被清廷软禁在鸿胪寺里。因此首先讨论的是如何处理南京来的北使团。
其实这也用不着多讨论，因为清廷己经决意南征，收取江南之地，当然不会答应南京朝廷的求和，所谓处理，无非就是北使团的三名使臣是杀还是放而己。
在场几位满臣都主张：“把使臣杀了算了！”但只有洪承畴跪禀：“两国相争，不斩来使。如果杀了他们，下次恐怕无人敢再来了，还是留有余地为好。”
多尔衮听了洪承畴的话，也觉得有道理，毕竟这几个人杀不杀，也无关大局，放回去又能怎么样，说不定还能吓唬吓唬南京朝廷，因此也有意放回南明使臣一行人。
那知北使团中的陈洪范，在出使之前就己经与降清的明将唐虞时搭上关，并且暗与多尔衮书信往来，向清朝归降。听说清廷要遣使团南返，于是上奏多尔衮，请清廷截留使团中的左懋第、马绍愉等人，只放他自己南归。并且保证自己南归之后，为清朝打探南京的消息，招降江南诸将等等。
因此多尔衮也改变了主意，并且亲自约见陈洪范，封官许愿，勉励他回江南后打探军情，帮清廷策反明朝诸将。同时也下令扣押左懋第、马绍愉等人，只许陈洪范本人带少数人回江南。而北使团之中的另一个成员，降清明将祖大寿的儿子祖泽溥，这时早己经随父降清，并薙发梳辫。
南明使团的事情就这样结束了，而接下来就是布置下一阶段的军事目标。
这时各条战线的消息也陆续传到了北京，果然不出洪承畴所料，商家军在青州击败了和讬和李率泰之后，并没有继续进军济南，而是一直留守青州府内，虽然偶尔也会到济南府活动，但很快也会退回青州府去。
而在另一条战线上，李自成却趁着清军的主将都返回北京迎接福临的空隙，也组织驻守山西平阳府的大顺军和河南西部的大顺军刘宗敏部配合，向河南怀庆府的清军发动了反攻。
这一次进攻确实打了淸军一个措手不及，大顺军首先攻克了济源、孟县，满清驻守怀庆府的总兵金玉和领兵出战，在柏香镇遭遇李自成和刘宗敏的优势兵力夹击，几乎被打得全军覆没，金玉和与副将常鼎、参将陈国才等人均在这一战中被大顺军所杀。而击败了金玉和之后，李自成率领大顺军乘胜进攻怀庆府的治所沁阳，满清驻守卫辉总兵祖可法连夜带领军队进入沁阳固守待援。
大顺军的这一胜利，也震动了整个河南地区，因为河南是中原腹地，因此李自成的战果不及青州之战，但影响力也远出山东的战事更大，而满清派出的河南巡抚罗绣锦也向北京连续发出了紧急求派援兵的奏疏。
因为两黄旗保护福临到达北京之后，满汉八旗军几乎己经全部聚集在北京，清军前一阶段兵力不足的局面也有所缓解。而前一阶段战事顺利，也使多尔衮产生了乐观情绪，因此多尔衮本来计划分兵三路，分别进攻李自成、南明和山东，但现在看来，洪承畴的判断是正确的，目前清军的首要敌人是李自成。
于是多尔衮也立刻调整自己的目标，首先集中兵力，进攻山西，先彻底打败李自成，并且顺带解决山东的商家军，等这两个目标解决之后，再集中两路兵力南下，扫平江南。
进攻李自成的兵力将分为两路：一路由英亲王阿济格率领平西王吴三桂、智顺王尚可喜等统兵取道山西北部和内蒙古进攻陕北，得手后向南推进，直捣以西安为中心的大顺政权中心，另一路由豫亲王多铎率领、恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明等率领先进驻怀庆府，解沁阳之围，然后西进攻取潼关，打通入陕的门户，同阿济格部清军南北合击大顺军。
这两路兵马各有大军八万余众，其中满八旗军合计再四万以上，占八旗总兵力的四成，可以说怀庆失利己经震动了清廷，这一次进攻李自成，清廷算是倾力出动了。
而在山东的战役，多尔衮决定，派饶余多罗贝勒阿巴泰为主将，带领贝勒博和讬、博洛、贝孑岳乐、都统准塔等人出战，李率泰等第一批山东的人马诸将都受他节制，率军进攻青州，以至一直收取登莱。
因为这次福临入关，也把皇太极收集的有关商毅和商家军的资料文件带来了，不过这些资料只是到去年八月，离现在己一年多的时间没有更新，而且就是去年八月以前的，也不足很全面，但也足以让多尔衮对商毅有一个比较直观的认识了。商毅出头的时间并不长，能在这短短一年左右的时间里，带出一支颇有战斗力的军队，尽管主要是依靠火器取胜的，但也是十分难得了。因此这一次进收山东，可不能够再大意了。
现在阿济格和多铎都领军进攻李自成，现在朝中能够独领一军作战的，只有阿巴泰和豪格两人，多尔衮当然不想让豪格领军立功，因此也只能派出阿巴泰。而且阿巴泰曾经领军在山东征战过，也和商家军交过手，熟悉这里的地理和商家军的战术，由他出战山东，也确实比豪格合适一些。
其实自从回到盛京之后，尽管皇太极把这一次出兵定义为获胜，并重赏了阿巴泰，但阿巴泰一直为自己在穆陵关的败仗耿耿于怀，并且在家里和儿子博和讬、博洛、岳乐等人一起都认真研究去商家军的战术，以及破解的办法，同时也憋着一口气，想找机会报这一箭之仇。
可以说阿巴泰是清廷除了皇太极之外，对商毅最重视，也是研究得最多的人，而且从一定程度上来说，他的研究比皇太极更有针对性，因为他倒底是和商毅交战过，亲自会过商家军的战术。
因此多尔衮指派由他领军再次进攻山东时，阿巴泰也十分高兴，认为自己终于有机会报仇了。不过阿巴泰为人虽然粗鲁，但打起仗来可一点也不含糊，虽然十分愿意领军出战山东，但也向多尔衮提出了自己的条件，毕竟商毅也不是好对付的人，别到时候羊打不着还落得一身骚。
不过阿巴泰到也沒有多要满八旗兵，只要有万人左右就够了，但却提出，需要火铳手万人，其中鸟铳要有五千杆，鲁密铳最好也能有五百杆，另外还要各种火炮二百门，其中红夷火炮要占到七十到八十门。
原来经过和两个儿子的反复研宄，并且又到汉军八旗中去询问了清军火器的性能特点，终于也得出结论，对付商家军的火力，拿八旗兵去硬填是不行的，唯有以火器制火器，才能够击败商家军。而来到北京之后，阿巴泰又专程找李率泰细问了青州一战的经过，也知道一年多以后，商家军的火器似乎比过去又厉害了一些，因此想要击败商家军，必须要在火器的数量上压倒他们。
但听了阿巴泰的要求之后，多尓衮却有些为难，因为阿巴泰所需要的火炮、火铳数量太大，由其是火炮，一时跟本凑不了这么多。当然这也是因为商毅在从北京撤离时，把带不走的火炮全都给炸毁了，没有留给清军，要知道在另一时空里，清军在南下之后围攻扬州和江阴都聚集了数百门火炮，大部份都是原本北京城里明军留下来的。而且多铎和阿济格两路，也带走了不少火炮，火铳的数量到是差不多了，但大半都是三眼铳，五千支鸟铳也凑不齐。
因为关外风大，火绳枪容易息灭，因此清军的火铳兵大多喜欢用点引线的三眼铳，而不是用火绳的鸟铳，而且用三眼铳放完了还可以当长矛使，当大棍轮，也比鸟铳好用。而鲁密铳因为工艺复杂，制做麻烦，清军中也不多，而且人人都喜欢用鲁密铳，因此轮到阿巴泰头上，也没有多少。
最后多尔衮东拼西凑，左挪右补，总算是给阿巴泰备齐了火门一百二十余门，其中红夷大炮三十四门，分别为一千斤十八门，二千斤十三门，三千斤三门，而火铳兵八千，其中鸟铳两千五百杆，鲁密铳一百杆。
另外多尓衮分配给阿巴泰的兵力五万，其中满八旗兵为一个固山，另加二个甲刺，共计有三十五个牛录，共有旗兵近万人，汉军八旗也派出两个固山的人马，共计一万五千，还有明朝的降军八千余人。而现在清军在山东还有八九千的兵力，也全归阿巴泰节制，因此清军在山东的实际兵力，基本到了六万，这样的兵力，也不能不说不算雄厚了。
而阿巴泰也知道，多尔衮能够给自巳拔调出这么多的火炮火铳也己经足够，毕竟火器只有那么多,而多铎和阿济格两路也需要一部份火器，而且阿巴泰也觉得，有这么多火器，也足够击败商家军了。因此也不多做强求。今了命令之后，立刻整军出发，直奔山东而去。
这时商家军在北京也己经建立起一个初步的情报网络，淸廷的大军调动情况，也很快被情报人员查到，传回浙江。