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在22世纪，联邦的主要对手是罗慕伦帝国，而到了23世纪联邦的主要对手则成了克林贡帝国。
克林贡帝国与联邦第一次的接触发生在2218年，这一次接触很不愉快，此次不幸的事件导致两国敌对达近一个世纪之久。2237年克林贡与联邦的交涉几近破裂。克林贡帝国向联邦发出最后通牒，若联邦不从双方皆宣称为自己领域的地区撤退，克林贡将对联邦宣战，两国从而开始了武装对峙状态。
一切便从此开始。
面对很有可能爆发的战争，一部分人开始积极备战。这些人中，以联邦星际舰队亚历山大·马库斯上将最为积极。
瓦肯人的母星瓦肯星，被来自未来的罗姆兰帝国的采矿船纳兰达号船长尼禄，运用一个世纪后的未来武器所摧毁，这导致瓦肯全球60多亿人死亡，只有1000多人幸存。在瓦肯星被毁后，联邦星际舰队加大了对太空中遥远星区的探索，亚历山大·马库斯上将的心腹手下发现了一艘漂浮在太空的古旧飞船，飞船内有着数十个在冰冻仓中低温休眠的人类，其中有七十三人存活。
亚历山大·马库斯上将有着31区作为后盾，这是一个不被官方承认，类似于秘密警察组织的情报与防卫组织。亚历山大·马库斯上将很快就知晓了这些人的来历，这些人是基因改造人，源自三百年前地球爆发的优生战争。
优生战争（EugenicsWars）是1992年至1996年在地球发生的一系列战争。科学家为了改良人类通过优生和基因改造等方法，制造出了一批‘超人’，他们拥有更好的身体素质和更高的智能，可随之而来的还有更大的野心。
当时世界上大部分地区都被基因改造人统治着，所有基因改造人中最著名的则是可汗·努尼恩·辛格，他统治着全世界四分之一的领土。因为这些‘超人’的统治。使得非基因改造人的地位十分低下。后来由于非基因改造人的反抗而引起了世界大战，最终导致基因改造人的独裁政权被推翻。而可汗等八十个基因改造人逃过了制裁，自我流放到了外太空。当时新政府由于害怕可汗消失的消息引起恐慌，就对公众隐瞒了这个事实。此后基因改造技术被禁止。
马库斯上将发现一切后。决定唤醒了可汗，利用这个全面超越人类的基因改造人，推进他的联邦星际舰队军事化大业。在亚历山大·马库斯看来，现今的联邦人民实在是太安逸了，无法扛起战争。要对付野蛮的克林贡帝国。亚历山大·马库斯需要一个同样野蛮的、残忍的、野性的、战士的头脑来辅助，而基因改造人可汗·努尼恩·辛格则满足所有的要求，这些高智商的强横基因改造人就是为战争而生的，他们的体魄、他们的思维、他们的一切皆是为了战争服务。
利用活着的七十二个基因改造人，这些可汗·努尼恩·辛格仅存的族人，亚历山大·马库斯与可汗达成了协议。在人质的威胁下，可汗·努尼恩·辛格迅速适应这个时代，迅速的学习新世界的科技、规则，来为31区设计武器和战舰，来帮助亚历山大·马库斯实现联邦星际舰队军事化的愿望。
而亚历山大·马库斯则答应在事成之后。释放所有的基因改造人，还可汗等人自由。但亚历山大·马库斯从一开始就没想着放可汗等人活路，而曾经身为一个统治者的可汗也清楚的知晓亚历山大·马库斯的心思，但族人之命握与他人之手的他无可奈何，只能在暗地里筹备计划。可汗制作了一批先进的光子鱼雷，并将自己的七十二个族人装入其中，准备携带自己的族人逃出生天。
但是，可汗的暗中行动被亚历山大·马库斯发现了，无奈之下他只能逃亡。可汗虽然逃了出来，但他觉得自己的七十二个族人肯定被亚历山大·马库斯全部杀掉。于是开始了一条复仇之路。
作为一个精锐战士，可汗为此制订了详细而缜密的计划，并将其付诸实施。首先，可汗要将位于伦敦。表面上是星际舰队的档案馆，实则为31区分部的机构毁掉。
为此，可汗找到了一个在31区工作的星际舰队文职军官。这位军官有着一个身患重症，即便以星际时代的医学也无法治愈的女儿。而作为基因改造人的可汗，拥有着细胞重生的能力，而他的血液更是万能良药。可以将这种能力带给受血者，治愈任何疾病。可汗很清楚一个人，会为了自己的亲人付出所有，于是他跟这位军官达成了协议。
可汗答应用自己的血液救活军官的女儿，而军官则为可汗炸掉31区分部，并给马库斯上将发一份邮件，宣布可汗与联邦星际舰队之间处于战争状态。
为了让自己的女儿远离病魔的折磨，军官毅然答应此事，在亲眼见到血液起效后，军官带着制作出一枚戒指的超级炸弹，在可汗的一路监视下进入了31区。很显然，可汗以军官女儿的安危威胁他，刺杀一个人对可汗来说实在是太容易了。
一个父亲为了自己的女儿铤而走险，并且搭上了许多人的性命，这样的行为即无私又自私。无私是因为他根本不在乎自己的性命，自私是因为他救一人却杀死了四十二人。
爆炸发生后，按照联邦舰队的规章条例：联邦星际舰队的设施受到袭击时，高级指令会召集星舰舰长和大副们到旧金山市的星际舰队总部，在紧急会议室召开紧急会议。
已经熟悉联邦星际舰队规章条例的可汗早就计划好了一切，就在所有人以为他在逃避星际舰队的追捕时，他武装了一艘没有曲速航行能力，防守不严的普通逃生飞船，直接杀到了旧金山市的星际舰队总部。已经习惯了使用星际战舰交战，早就忘却了近身刺杀的联邦舰队的高层指挥官们，就在这间紧急会议室内遭到了可汗的屠杀。
大批的星舰舰长和大副死去，让可汗一泄心头恨，然而还不等他杀掉罪魁祸首马库斯上将。一向不走寻常路的詹姆斯·泰比里厄斯·柯克也恰好来此开会，在使用来福相位枪攻击逃生船无效后，用消防栓毁掉了逃生船的进气装置，进而使逃生船坠毁。
但早有准备的可汗，则用便携式空间扭曲发射器，逃离了地球，直接抵达了克林贡帝国的一颗废弃星球。
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