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太平洋战争初期，南方军进展迅速，兵分四路作战，山下奉文的25军沿马来半岛——新加坡方向，本间雅晴的14军沿菲律宾方向，饭田祥二郎的15军沿缅甸——泰国——印度方向，今村均的16军沿爪哇方向。不到半年时间，南方军即侵占了新加坡、马来西亚、菲律宾、印度尼西亚以及南太平洋上的许多岛屿，攻占了10倍于日本本土、拥有富饶自然资源和1.5亿人口的大片土地。同时，日方损失甚微，包括海军在内，仅伤亡15000人，损毁飞机380架，驱逐舰4艘。
经过两年的时间，因为战局的一再失利，字去年后，日本就加强了南方派遣军的实力。在王汉章为进攻泰国之前，日军为撤离泰国之前。
第7方面军〈司令部在新加坡，司令官土肥原贤二〉：第29军（第37，第94师团，第37，第70旅团），第16军（第48师团，第28旅团），第37军（独立混成第56，第71旅团），直辖之第46师团，独立混成第26旅团，共计10万人，主要任务是防止盟军在马来亚、新加坡、婆罗洲、爪哇岛及苏门答腊。
第14方面军（司令部在吕宋）：第35军〈第1，第16，第26，第30,第100，第102师团，独立混成第54，第55旅团，步兵第68旅团〉，第41军（第8师团），直辖之第10，第19，第23，第103，第105，坦克第2师团，第1挺进集团，独立混成第58旅团，第4飞行师团。
1941年11月在南方军隶下设置第14军，作战地域配置在菲律宾方面。1942年10月改编升格成第14方面军，司令官本间雅晴，兵力20万人。
第18方面军（司令部在曼谷，司令官中村明人)：第15军（第4师团），直辖之第15，第22师团，独立混成第29旅团，曼谷防卫队，一共5万人。
南方军直辖：第14师团(独立混成第49，第53旅团），第2军（第5，第32，第35，第36师团，独立混成第57，第128旅团），第18军（第20，第41，第51师团）第38军〈第2，第21，第55旅团，独立混成第34旅团〉,第3航空军（第5，第9飞行师团，第55航空师团。人员25万人，由派遣军司令官寺内寿一指挥，作战区域在太平洋诸岛。
从兵力上来讲，日军的南方派遣军兵力雄厚，而且是日军最精锐的部队，如果不是美国在太平洋上猛烈的进攻，王汉章肯定会面临一场前所未有的大战，当然王汉章能走到今天也跟日军的战略格局小有关，日军开始没十分的在意，他们认为先击败美国，中国远征军就不足为虑，但是他在美国手中是一败再败，而远征军，王汉章却迅速的成长起来，日本因此错过了最佳的进攻时间。
瘟疫爆发后，驻扎印尼和马来的第七方面军面对汹涌的瘟疫，无力制止，他们只有十万人，却要稳住5、6千万的印尼土著，就算有土著兵协助，他们的人手还是不够，想杀都不知道从那里开始，同时也杀不过来，看似健康的人可能明天就发作了。
最后土肥原贤二只能对日本军队和侨民进行防护，而石原四郎也飞快的抵达了新加坡。
根据驻扎在当地的军医的报告，石原四郎看着病人的症状，很快意识到是他的研究成果，肯定是土著们来了印尼和新加坡，把这里的人传染了。
“土肥原君，根据下面的检验报告，和本人部下的亲自检查，本人已经可以确定这次瘟疫的病毒是本人研究所研究的新型细菌。不过我只是在泰国和柬埔寨使用了，本来是配合大本营消灭支那远征军的，但是没想到他们居然跑得比兔子还快，使得计划落空。”
“根据我本人在那里半个月的观察，瘟疫蔓延的速度非常的快，比在支那实验室爆发的更快，我综合了一下，一是这边的环境更适合细菌的滋生，而是这里的人口密集且不爱卫生，如今瘟疫已经全面爆发，虽然我们有药物可以救治，但是抱歉，药物造价昂贵，我没有那个能力去救几千万人，”石原四郎说道。
土肥原道：“石原君应该知道印尼、马来亚和越南同样的重要，这里有帝国最急需的资源，最重要的是石油资源，另外还能为几十万派遣军提供军粮，如果这里任由瘟疫爆发，那么经济就会遭到严重的破坏，不但没有了粮食，同时石油和其他矿产的正常生产怕是也会受到影响。”
“石原君，我不关心土著死多少，但是我在乎的是帝国在这里的利益，特别是帝国急需的物资，不管你用什么办法，无比保证正常的生产。”土肥原的话非常的严厉，让石原四郎都有点怕怕。
石原四郎想了想道：“这个我明白，但是要救治恐怕来不及了，我看进行重点救治，我们先将重要的地方进行消毒处理，进行重点消毒，以保障这些地方的安全，你看怎么样，总之我声明，就算你全力支持药物的生产也不可能生产出那么多药物的。”
土肥原四郎看石原四郎一脸真诚，他道：“好吧，你去安排，还有尽快，不要让瘟疫蔓延到侨民和军队。”
石原四郎根据土肥原的命令，很快就对新加坡和重要的城市还有原料生产地进行了清理，而马来半岛则是重点区域，这里比较小，优势战略要地，土肥原不希望出现什么大事。
而马来的土著则遭了殃，一般的土著要是感冒发烧了不敢去治疗，对于这样的人，日本人一旦发现直接当瘟疫患者处理，他们不是救治，而是消灭后焚尸灭迹，得了病被日本人发现了就是死路一条了。
而印尼人则没有那么好的运气了，马来半岛的人口只有几百万，比较好防治，但是印尼的三个大岛集中了印尼百分之九十的人口，一个到最少也是一千万，爪哇岛更是有两千多万人，根本无法防治，瘟疫已经四处蔓延，现在谁也没办法得知谁感染了，谁没有感染。
等待印尼人的只有泰国人一样的下场了，而当地的华人大部分集中在重要的城市，日本在这里进行了防治，因此他们大多数人侥幸的躲过了这一劫，不过因为其他地方的瘟疫使得日军的收入极大的减少，因此日本人对他们的盘剥更加的厉害，基本上只是让他们能活下去，但是这样已经算是不错了，之前日本人在印尼、马来亚日本人不但自己屠杀华人同时还怂恿土著对华人进行残害。
而印尼和马来发生瘟疫的时候，菲律宾差不多在随后的几天也爆发了瘟疫。因为日本封锁消息，土著们知道的事情都是对日本有利的报道，大多数人并不知道外界的事情，更不知道东南亚的大瘟疫。
在菲律宾马尼拉的本间雅晴虽然知道泰国的瘟疫，但是并没有提醒他要注意防治瘟疫，他自己也压根没想过隔着宽广的南海，瘟疫还能传到菲律宾，他一直认为需要担心的是退守西贡的中村明人和在马来亚的土肥原贤二，因此菲律宾并没有加强人口流动措施。
不过到菲律宾的泰国人比较少，毕竟距离太远，所以没有到处爆发，但是人口最多的主岛却没有幸免，而且因为土著们发病的不敢上报，所以导致了大量的人被感染，有的很快发作，有的人病毒在身体内潜伏起来，随时发作，甚至还有的人不会发作，但是会一直潜伏，但是别人接触他则会感染，然后发作，不知这种人是万中无一的。
瘟疫在菲律宾迅速的扩大了，而且驻扎在菲律宾的日军又多，很快在军队内也出现了一些感染者，一时间日军人人自危，再也顾不得防治什么瘟疫了，很快他们就将自己和外界的土著隔开，同时他们不得不让石井四郎过来防治瘟疫，至少要保住日军。
王汉章也终于知道了原来瘟疫是日本人搞的，因此在国际上强烈的控诉日军的行为，同时派人拍摄了大量的照片，一时间盟国争相报道，连德国等轴心国也对日本的做法表示谴责，这种事情虽然很多国家都干过，但是都是秘密进行的，向日本人这样公开的做这种事情实属罕见。
而日本也指责是秦国干的，不过在秦国列举了大量的证据之后，没有人相信是秦国干的，首先日本不战而逃离泰国就是最明显的事情，日本人不可能这么做，另外日本在中国使用毒气弹、细菌弹早就报道了无数次了。
英美等国看日本的细菌武器威力如此惊人，也十分的担心，他们们加快了药物的研制，万一真的日本人狗急跳墙，到时候自己也好防治。同时美国的登陆菲律宾的作战计划被迫搁置。
而日本方面，瘟疫已经全面爆发，没有办法防治了，除非他不打仗了才会有精力。
到秦军反攻印尼、菲律宾时，原本印尼7000万人口之剩下了两千多万，菲律宾1600万人口因为分散在各个岛屿上，加上其特殊的地位，后来因为发病或者被日军怀疑杀掉的有600多万，剩下九百多万人口。这为日后将这些地方纳入华夏文明圈极大的减少了阻力。
同时瘟疫横行，日本在此地的税收受到严重的印象，有些人是染上了瘟疫死的，有些人则是饿死的，同时日本为了保证矿产资源的生产，大量征集土著，压迫致死。