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因为撤退及时，加上做好了完全的措施，在巴塞河东岸和军队内部并没有爆发瘟疫，但是在这半个多月来，秦、日不管地带，巴塞河东到澜沧江以西的广大区域瘟疫肆虐，人和畜牲成批的死去。
不要说派去侦查疫情的人了，就是飞机在天上侦查都可以看到大量的死尸，王汉章非常担心瘟疫会传到秦国，因此不得不每天让士兵消毒，同时不得和靠近巴塞河边上的水，另外水一定要烧开才喝，关系到将士们的性命，将士们到是非常的配合。
不过半个月来，瘟疫越来越严重，虽然有河流隔开，但是连动物都会传染，王汉章不得不防，王汉章在6月10日便下令，巴塞河东岸五十里内的人全部迁移，而且是迅速的迁移，王汉章只给军队一个礼拜，不走的格杀勿论，离开的将可以得到安置。
巴塞河中下游土壤肥沃，也是原来泰国最繁华的地区，居住这大量的人口，要是瘟疫一旦传过来，那死的不仅是土著，还有王汉章的军队，另外还有不少的华侨，此地人口也是非常的密集，依照秦国的实力，一旦瘟疫爆发，恐怕没有防治的能力，因此从源头上杜绝是防止瘟疫爆发的最好办法。
到了王汉章发行货币的时候，人员基本离开，军队给他们两个选择一时去东边接受安置，另一个是去河西的瘟疫区，第三个就是被当场诛杀，土著们很清楚现在只有东边或者的可能性最大，看着中国军队凶神恶煞的样子，他们想要张口的话也吞进了嘴里。
仅仅这一下就有一百多万人需要安置，还好把印度人赶走之后留下了数额巨大的粮食，要不然真的不知道怎么办了，原本大家建议让这些土著带着粮食离开，不过王汉章认为那样的话不知道要多久了，恐怕瘟疫正好感染了他们，所以只让这些人带着少数衣物和他们认为重要的东西立即离开。
在澜沧江以东的日军做的事情也跟秦国做的差不多，石原四郎经常派出他的防化兵去检验疫情，看看自己研究的成果怎么样。
另外他们也在江东进行消毒，当然他不是在乎土著的性命，他是在乎自己的士兵，如果瘟疫蔓延过来也不好，土著也不能死光了，这写土著现在存在下去至少可以提供更多的粮食给日本，总不能死光了之后要军队去种粮。
石原四郎看着部下的报告，他对实验的效果很满意，他的研究确实非常的有效，在他认为日本有着这种武器，那任何人都会胆寒。
如果瘟疫区的土著们不走在瘟疫区等死，那日后秦、日双方可以在几个月后去接收这些干净的土地，不过土著们明显不是那种坐以待毙的傻子，瘟疫蔓延后，胆量的有钱土著纷纷找船离开，另外还有一些土著们合伙造船离开那片土地。
华军还没有打过来，日本人就跑了，后来华军来了就走了，另外从越南来了大量的难民，经过半个月的时间，现在土著们都知道了，原来是日本人搞的鬼，日本人给越南人注射了瘟疫，然后把这些越南人赶到他们的土地，继而祸害他们，这些最开始是由一些土著医生和警察联合推断出来的，他们告诉了亲朋好友，他们的亲朋好友在告诉他们的亲朋好友，事情就这样传开了。
随着瘟疫无法遏制，不管愿意不愿意离开，都得离开，离开去哪里都是人生地不熟的，不过离开要是是九死一生，恐怕不离开是十死无生了，这场瘟疫太厉害了。
特别是那些有些钱财的人，瘟疫弄不弄死他或许还不好说，但是瘟疫爆发后，穷人变得焦躁起来，政府也已经完全瘫痪，他们这些人自然成为了众矢之的，有仇的报仇，没仇的也看上他们家的娇妻美眷，粮食、钱财。
另外一些胆大的土著已经结合起来，他们当中还有一些以前的警察或者军队，他们想要离开这里，但是去哪里不要钱呢，因此这个时候要想弄到钱只有吃大户了。
现在所有人都把富户当初眼中钉肉中刺、肥羊，土著们就像发了狂的牲口随时张开他们携带病毒的血盆大口吞噬这些有钱人。
许多有些危机感的富户已经离开，那些没有离开的有的已经被消灭了，有的则和其他富户联合起来，结寨自保，不过看着外面的局势越来越不受控制，他们也终于下定决心离开。
土著们能离开的陆陆续续的离开，他们前往印尼甚至菲律宾，还有马来半岛，虽然这些地方都在日本的控制之下，但是日本人并没有对这些地方进行任何的防护、控制，日本人压根没想过瘟疫会传染到这些地方，石原四郎没想过这个问题，他只关心他的研究成果。
日本军部和在越南的日军高级将领也没有想过，他们的心思开始沉浸在用瘟疫消灭秦军和远征军几十万人，后来计划失败，他们沉浸在自责和杀戮当中。
6月中下旬，先期离开的土著们抵达了东南亚各岛，他们有些人是开始离开并没有染上病毒，但是随着抵达的人越来越多，离开瘟疫区的人越来越多，终究还是有不少携带了病毒的人离开瘟疫区到了印尼、菲律宾、马来亚等地。
6月22日，一切病毒的潜伏着出现了发烧发热的症状，因为之前没有出现什么特殊的情况，他们家里也没人得瘟疫，现在又离开了泰国，他们也没想过是瘟疫，还以为是感冒了，因此并不是太在意。
在加上他们现在是外来者，语言不通，另外有种做贼心虚的感觉，因此不敢公开露面，免得招惹什么麻烦，在他们看来要是被人知道他们从瘟疫区过来，当地人定然会担心他们会把瘟疫传染给他们，到时候估计会被人打死了，所以一般的感冒他们相信忍着点休息一下就好了。
但是到了第二天因为没有及时的治疗，那名土著的身体上已经出现了不同程度的溃烂，其次身上还起了很多水泡，这时土著们才感觉到不同寻常，他们很快意识到是瘟疫，因为他们听说过这次得了瘟疫的人之后出现的情况就是这样的。
但是土著们不敢去治疗，一来恐怕会花很多钱，二来就是得了瘟疫之后被人发现，尤其是他们是外来人，到时候后果不勘设想，恐怕他们最轻也是在这里被赶走，要是重一点直接被打死。
可是得了瘟疫的人是自己的家人，又不能不管不问，一家人陷入了思考，到底该怎么办呢，直接弄死再埋了，看着患者无辜、可怜的眼神他们下不了手。不管他，让其自生自灭，好像还能接受。
不过留在这里也不是办法，他们好不容易找了个地方安顿下来，最后一合计，下不了手的话，干脆把这个患者带到外面，让其自身自灭了，这样不杀他自己的良心也会好受一点，于是这名可怜的土著就比家人无情的弄到了城外抛弃了。
土著此事已经有气无力，只能看着家人离开在那里求他们不要抛弃他，可是没有用，他的家人已经走的越来越远。
第二天这名土著在饥渴饿、病痛中死去，他的尸体也被野狗吃掉，还有田鼠也来分享难得的荤腥。还有闻到血腥味的肉食鸟类也加入了盛宴。这些动物就这样带着病毒去了别的地方，把病毒传播到了其他地方。
在接下来的几天内，有相当多的逃来的土著发作，他们有的是最后被埋掉了，有的则和那名被抛弃的土著一样，被扔到了一个没人的地方。
有几个死后被当地的印尼土著出于各种原因碰过，还有他们的家人也因为接触了他们，也携带了病毒。
而接下来印尼越来越多的人出现了鼠疫、伤寒等瘟疫的症状，逃来的人知道自己是得了瘟疫了，他们感到绝望。
印尼土著则和开始泰国人一样以为是感冒什么的，不过越来越多的人得了这种病，而一些有钱人则带家人看病，得知这并不是感冒，最后才得知原来是瘟疫，一切的症状都表明是瘟疫，但是他们不敢声张，在任何国家，不管以饱读诗书还是大字不识一个，但是任何人都知道瘟疫是什么，要是得了瘟疫，大家就把真的惧你而远之，甚至攻击你。
就这样泰国、柬埔寨的瘟疫已经全面爆发之时，印尼等地也逐渐小规模的爆发开来，最开始的讳疾忌医，加上印尼近7000万庞大而密集的人口，炎热的天气，简直是瘟疫的温床，瘟疫很快就席卷了印尼的苏门答腊、加里曼丹和爪哇三个印尼人口最多的岛屿。
而日本人一直在瘟疫全面爆发之后才得知，想要防控已经来不及了，日本驻印尼军急的向热锅上的蚂蚁，他们立即要求石原四郎来查看疫情，并给他们携带必须的药品。